1991年8月27日のモルドバ独立宣言後,日本は同年12月28日にモルドバを国家承認,翌1992年3月26日に外交関係を開設した。当初,在ロシア日本国大使館がモルドバを兼轄していたが,1997年11月より在ウクライナ日本国大使館がモルドバを兼轄している。在京モルドバ大使館は未開設。 1998年,旧ソ連時代に締結された条約のモルドバによる承継を確認する書簡が交換された。